2015年3月，中国民用航空局出具《关于山东菏泽民用机场场址的批复》。

2017年2月，国务院和中央军委出具《国务院 中央军委关于同意新建山东菏泽民用机场的批复》。

2018年1月，中国民用航空局同意菏泽机场命名为“菏泽牡丹机场”。

2018年11月，国家发改委出具《国家发展改革委关于新建山东菏泽民用机场工程可行性研究报告的批复》。

2019年4月，民航华东管理局出具《关于菏泽牡丹机场总体规划的批复》。

2019年5月，机场初步设计顺利通过专家评审，正式进入建设阶段。

2020年2月，经历新冠肺炎疫情防控后，牡丹机场正式复工。

2020年7月，菏泽民用机场进离场航线空域规划及飞行程序初步设计军民航协调会在菏泽召开。

2020年7月，市政府发布《关于印发菏泽民用机场净空和电磁环境保护管理办法通知》，公布牡丹机场净空保护区范围。

2020年8月，飞机牵引车、客梯车、摆渡车等十余种特种车辆交付入场。

2020年9月，航站楼完成“挂牌”。

2020年10月，登机廊桥完成第一次对接调试。

2020年12月，牡丹机场顺利完成校飞工作，历时7天。

2020年12月底，牡丹机场顺利通过竣工验收。

2021年1月18日，牡丹机场成功试飞。